أصدر قائد الثورة الإسلاميّة سماحة آية الله العظمى السيّد علي الخامنئيّ بيان تعزية برحيل الباحث والمؤرّخ الجليل العلامة الدكتور السيّد جعفر الشهيديّ، كان هذا نصّه:

بسم الله الرحمن الرحيم
بمناسبة رحيل العلامة الجليل الدكتور السيّد جعفر الشهيديّ (رحمة الله عليه) أرفع تعازيّ إلى كلّ من أسرة الفقيد المحترمة وذويه، وطلابه ومريديه، وإلى الأوساط العلميّة والجامعية في البلاد.
لقد كان الشهيديّ أديباً حكيماً، ومؤرّخاً حاذقاً، وإنساناً فذاً كريماً، ومن المفاخر العلميّة لهذا العصر، وقد خلّف وراءه تراثاً فاخراً وخالداً من الآثار المكتوبة. أسأل الله تعالى أن يشمل هذا الرجل المؤمن الصادق برحمته الواسعة ويحشره مع أجداده الطاهرين.
سيّد علي الخامنئيّ
6 / محرّم الحرام / 1429هـ