Suite au décès de l'éminent dignitaire religieux, l'Honorable Ayatollah Bahjat, le Guide suprême de la Révolution islamique a estimé, dans un message émis à cette occasion, que la perte de cet érudit faqih et mystique éclairé ne saura jamais être compensée. Il a présenté ses condoléances, à l'occasion de cet amer événement à l'Imam du Temps – que Dieu hâte sa venue -, aux hautes autorités religieuses, à la famille du défunt et à tous ses disciples. Voici le texte du message de condoléances du Guide suprême de la Révolution islamique:

Au nom de Dieu le très miséricordieux, le tout miséricordieux

Tout vient du Seigneur et tout retourner chez Lui

Nous avons pris connaissance avec un grand regret et une immense affliction que le faqih érudit et le mystique éclairé l'Honorable Ayatollah M. Haj Cheikh Mohammad Taqi Bahjat – que Dieu bénisse son âme – a quitté le monde d'ici-bas pour l'Au-delà. Cela représente pour tous les adeptes de ce grand homme et pour moi-même une grande perte et un amer événement. Ce vénéré penseur était une des plus éminentes sources de référence, un maître érudit de l'éthique et de la gnose, la source intarissable des vertus spirituelles. Le cœur lumineux et sincère de cet homme vertueux   et pieux était le miroir limpide et clair de l'inspiration divine, et sa parole embaumée a toujours été un guide sur le chemin des itinérants. Je présente mes plus sincères condoléances à la cour du vénéré Imam du Temps – Que Dieu hâte sa parousie – aux hautes autorités religieuses, à la famille du défunt et à tous ses disciples. Et je sollicite le Seigneur le Très Haut de consoler tous ceux qui sont en deuil ainsi que moi-même et de pardon et de mansuétude pour l'âme pure de ce grand homme.

As-salam aleykoum wa ramatullah

Seyyed Ali Khamenei

27 ordibehshet 1388/17 mai 2009