در پى در گذشت آيت الله آقاى سيد محمد باقر طباطبايى سلطانى، حضرت آيةاللَّه خامنه اى رهبر معظم انقلاب اسلامى پيام تسليتى صادر فرمودند.
متن پيام مقام معظم رهبرى به اين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
انا لله و انا اليه راجعون
خبر درگذشت عالم جليل القدر و شريف النسب آيت الله آقاى حاج سيد محمد باقر طباطبايى سلطانى، موجب تأسف و تأثر اينجانب گرديد. آن بزرگوار داراى شخصيت علمى و روحانى ارجمند و جامع فضيلت علم و اخلاق و برخوردار از ويژگيهاى برجسته پارسايى و مناعت و پاكدامنى و بزرگ منشى بود. بركات علمى ايشان، مجموعه ى بزرگى از فضلاء و طلاب جوان در دوره هاى متوالى، حوزه ى علميه قم را فراگرفته است كه از تدريس ممتاز و كم نظير ايشان در سطوح عالى فقه و اصول بهره مند گشته و ياد آن را همواره در خاطر نگاه داشته اند . نزاهت روحى و لطافت اخلاقى و رفتارى آن سيد بزرگوار و شريف، خاطره يى خوش در ذهن همه ى كسانى است كه از فيض آشنايى با او برخوردار بودند.
خداوند روح مطهر او را با اجداد طاهرينش محشور و مشمول رحمت و مغفرت خويش قرار دهد.
اينجانب اين حادثه ى تأسف انگيز را به بيت شريف و رفيع و بازماندگان و آقازادگان محترم ايشان و نيز به علماى اعلام و اساتيد و مدرسين عالى مقام حوزه ى علميه قم و همه ى ارادتمندان و دوستداران ايشان تسليت مى گويم و علو درجات ايشان را از خداوند متعال مسألت مى نمايم.
سيد على خامنه اى