در پي ارتحال عالم جليل‌القدر آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي احمدي ميانجي، پيام تسليتي از سوي حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب اسلامي صادر شد.
متن پيام تسليت مقام معظم رهبري بدين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
با تأسف فراوان اطلاع يافتم كه عالم جليل‌القدر و فقيه اخلاقي و پارسا و پرهيزكار آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي احمدي ميانجي دنيا را بدرود گفته و حوزه‌ي علميه‌ي قم به فقدان اين استاد وارسته و با فضيلت، دچار گشته است. ايشان در شمار عالمان و برگزيدگان بودند كه علم را با عمل، و تقوا را با جهاد، و فقاهت را با تبليغ دين، و برجستگي رتبه دانش و تحقيق را با كمال فروتني و زهد و كم‌توقعي در هم آميخته و در عرصه‌ي دين و معنويت همچون ميدان حضور و نشاط انقلابي، از پيشروان و گوي سبقت ربودگان بودند.
آزمون شهادت فرزند همچون ديگر محنتهاي دوران مبارزه‌ي علمي و جهاد سياسي، بر صبر و صفا و وارستگي اين مرد بزرگ افزوده و اسوه‌يي براي فضلاي جوان و شاگردان و ارادتمندان ايشان پديد آورده بود. فقدان خسارتبار اين روحاني عالي مقام را به حضرت بقيه الله روحي فداه و حوزه‌ي علميه‌ي قم و خاندان محترم و فرزندان مكرم ايشان تسليت عرض مي‌كنم و علو درجات ملكوتي ايشان را از خداوند رحيم مسألت مي‌نمايم.
سيد علي خامنه‌اي
22/6/79
متن پيام تسليت مقام معظم رهبري بدين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
با تأسف فراوان اطلاع يافتم كه عالم جليل‌القدر و فقيه اخلاقي و پارسا و پرهيزكار آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي احمدي ميانجي دنيا را بدرود گفته و حوزه‌ي علميه‌ي قم به فقدان اين استاد وارسته و با فضيلت، دچار گشته است. ايشان در شمار عالمان و برگزيدگان بودند كه علم را با عمل، و تقوا را با جهاد، و فقاهت را با تبليغ دين، و برجستگي رتبه دانش و تحقيق را با كمال فروتني و زهد و كم‌توقعي در هم آميخته و در عرصه‌ي دين و معنويت همچون ميدان حضور و نشاط انقلابي، از پيشروان و گوي سبقت ربودگان بودند.
آزمون شهادت فرزند همچون ديگر محنتهاي دوران مبارزه‌ي علمي و جهاد سياسي، بر صبر و صفا و وارستگي اين مرد بزرگ افزوده و اسوه‌يي براي فضلاي جوان و شاگردان و ارادتمندان ايشان پديد آورده بود. فقدان خسارتبار اين روحاني عالي مقام را به حضرت بقيه الله روحي فداه و حوزه‌ي علميه‌ي قم و خاندان محترم و فرزندان مكرم ايشان تسليت عرض مي‌كنم و علو درجات ملكوتي ايشان را از خداوند رحيم مسألت مي‌نمايم.
سيد علي خامنه‌اي
22/6/79