در پي درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمين حاج سيد حسين آيت‌اللهي، حضرت آيت‌الله خامنه‌اي پيام تسليتي خطاب به آيت‌الله سيد عبدالعلي آيت‌اللهي، خاندان آن مرحوم و مردم استان فارس صادر فرمودند. متن پيام مقام معظم رهبري به اين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
انا لله و انا اليه راجعون
آيت‌الله آقاي حاج سيد عبدالعلي آيت‌اللهي دامت بركاته
رحلت تأسف‌انگيز برادر مكرم جنابعالي، عالم مجاهد پارسا مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمين آقاي حاج سيد حسين آيت‌اللهي را به جنابعالي و خاندان مكرم آن مرحوم و عموم مردم استان فارس بخصوص مردم مؤمن و با وفاي جهرم صميمانه تسليت مي‌گويم.
آن سيد شريف و عزيز بي‌شك از جمله‌ي حسنات روزگار و از برجستگان بيت رفيع مرحوم آيت‌الله‌العظمي حاج سيد عبدالحسين لاري و از ستارگان فروزان اين مجموعه نوراني محسوب مي‌شدند.
دوران جواني و بخش اعظم عمر با بركت ايشان در راه دفاع از دين و از حقيقت و مجاهدت در راه خدا و خدمت به مردم‌گذشته است.
يقينا مردم صميمي و با صفاي آن سامان تا مدتهاي طولاني خاطره‌ي صفا و معنويت و شجاعت و پارسايي اين بزرگوار را از ياد نخواهند برد.
از خداوند متعال مسألت مي‌كنم كه رحمت و مغفرت خود را بر روح آن مرحوم افاضه فرمايد و به جنابعالي و ديگر بازماندگان بخصوص خانواده و فرزندان محترم و همه ارادتمندان و دوستان ايشان صبر و اجر عنايت نمايد.
والسلام عليكم و رحمه الله
سيد علي خامنه‌اي
26 دي ماه 1379
20 شوال 1421
بسم الله الرحمن الرحيم
انا لله و انا اليه راجعون
آيت‌الله آقاي حاج سيد عبدالعلي آيت‌اللهي دامت بركاته
رحلت تأسف‌انگيز برادر مكرم جنابعالي، عالم مجاهد پارسا مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمين آقاي حاج سيد حسين آيت‌اللهي را به جنابعالي و خاندان مكرم آن مرحوم و عموم مردم استان فارس بخصوص مردم مؤمن و با وفاي جهرم صميمانه تسليت مي‌گويم.
آن سيد شريف و عزيز بي‌شك از جمله‌ي حسنات روزگار و از برجستگان بيت رفيع مرحوم آيت‌الله‌العظمي حاج سيد عبدالحسين لاري و از ستارگان فروزان اين مجموعه نوراني محسوب مي‌شدند.
دوران جواني و بخش اعظم عمر با بركت ايشان در راه دفاع از دين و از حقيقت و مجاهدت در راه خدا و خدمت به مردم‌گذشته است.
يقينا مردم صميمي و با صفاي آن سامان تا مدتهاي طولاني خاطره‌ي صفا و معنويت و شجاعت و پارسايي اين بزرگوار را از ياد نخواهند برد.
از خداوند متعال مسألت مي‌كنم كه رحمت و مغفرت خود را بر روح آن مرحوم افاضه فرمايد و به جنابعالي و ديگر بازماندگان بخصوص خانواده و فرزندان محترم و همه ارادتمندان و دوستان ايشان صبر و اجر عنايت نمايد.
والسلام عليكم و رحمه الله
سيد علي خامنه‌اي
26 دي ماه 1379
20 شوال 1421